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磁力搅拌器利用磁性物质同性相斥的特性，通过不断变换基座的两端的性来推动磁性搅拌仔转动，通过磁性搅拌子的转动带动样本旋转，使样本均匀混合。通过底部温度控制板对样本加热，配合磁性搅拌子的旋转使样本均匀受热，达到指定的温度。
一般的加热磁力搅拌器都是在底盘设置加热装置，另外也会设置相应的装置对加热进行监控。工作的盘面会安装有温度传感器(也称热点耦)，仪器不会加热介质，可根据实验要求对温度进行调整。
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加热磁力搅拌器不可用于危险的环境中搅拌易爆的物质或水下操作使用仪器。应保证只有受过相关训练的人员才能使用仪器。注意避免仪器电源线触及底盘。根据除处理介质的种类佩戴合适的防护设备。仪器不能用于室内处理有爆炸危险的介质，应放置于不可燃或者防火的台面。
使用时应该考虑磁场对周围环境的影响，如数据存储器、心脏起搏器。仪器工作时盘面温度高可达几百摄氏度，触摸仪器外壳和盘面时小心烫伤，仪器关闭后，也要注意余热。加热和冷却时，由于物质的膨胀可能会发出轻微的声音。