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台式磁力搅拌器和磁力棒已经得到广泛应用，但只局限于研发、小规模的水平，人们往往对磁力搅拌器产生错觉，认为磁力搅拌器的力度弱、功率小，不能用于大体积，以及死角、在线清洗（CIP）和在线灭菌（SIP）等，然而，这种观点早已经在现实应用中被推翻。目前，下磁力搅拌器已经可以大适合40t水的搅拌，甚至大，应用的种类也多。从结构来看，一般下磁力搅拌器由带阴轴承的转头；阳轴承、罐底焊接板、马达组成。马达驱动头里有几块永磁铁（不是环状），转头里对应的位置也有相同数量的永磁铁，性恰好相互吸引，当安装好以后，马达驱动头和转头里的永磁铁相互之间磁力耦合，马达驱动头运转，磁力带动转头运转，两者被罐底板完全隔开，没有机械传动轴贯穿罐体。
转头的设计、转头与轴承的衔接、转头与轴承之间的间隙直接关系到CIP/SIP的效果，一般转头越开放越好。转头的材料，是316L不锈钢，内包永磁铁，轴承材料常用的是碳化硅陶瓷，完全惰性，适合pH1~14，热膨胀小，在有水润滑的情况下，可以耐受高达5000~6000rpm的转速不磨损，由于工作状态下的磁力搅拌器，是完全浸在溶液下，润滑槽的存在可使溶液通过，从而使整个摩擦界面始终被水膜覆盖，在旋转时，摩擦力小，不会出现可以检测到的颗粒，对终产品不会构成威胁。
安装的部位往往位于罐底斜底部，根据制造商的安装指南进行组装，位置和人孔/手孔正对着罐底部，避开罐底阀的安装位置，之所以这样设计，可以形成涡流和湍流，从而达到佳的搅拌效果，专家已经作过这方面的实验，有具体的参数可供参考，当然这也和罐体的高径比、溶液性质、粘度、搅拌转速、搅拌器的配型等因素有关。
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