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沼气池在运行中，应视不同的原料定期、不定期的进行混合搅拌，这在理论上称做持续动态发酵。使用机械搅拌器经常搅拌沼气池的发酵原料，能使原料与沼气细菌充分接触，加快沼气细菌的新陈代谢，使其能很快生成繁殖，提高产气效率；可以打破池内上层结壳，使中下层所产生的附着在发酵原料上的沼气，由小气泡累积成大气泡，并上升到气箱内；可以减少发酵死角，使养料分布均匀促进沼气细菌生活环境不断更新，利于它们获得新的养料。
适当的搅拌方法和强度，增强微生物与原料的接触，使之获得营养物质机会增加，活性增强，生产繁殖旺盛，从而增加产气量。经常使用机械搅拌器搅拌后，可使产气量提高35%～50%。如不经常搅拌发酵原料，还会在沼气池底部逐步形成结块固化结层，缩小沼池容积并造成抽吸出料的困难。
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